Cappella delle Stimmate, il cuore del santuario,  eretta sul luogo dell'evento miracoloso, quando San Francesco d'Assisi avrebbe ricevuto le stigmate il 14 settembre 1224. Cappella dalla navata unica e coperta da volta a crociera. Sul pavimento, è segnalato da una lapide il luogo dove sarebbe avvenuto il miracolo delle Stimmate.